رفضت المفوضية القومية للانتخابات التقرير الأولي الذي نشره مركز كارتر حول تقييم العملية الانتخابية والذي ذهب فيه إلى أن الانتخابات تفتقر للمعايير الدولية لإجراء انتخابات حقيقية وانسحاب الأحزاب الكبيرة وتجاهل العديد من القوى السياسية وعدت من سياق التقرير أن مركز كارتر يؤسس هذا الحكم القاطع على وجود القوانين المقيدة للحريات خلال الحملة الانتخابية وانسحاب الأحزاب الكبيرة من الانتخابات وإدارة العملية بما شابها من أخطاء وردت المفوضية في بيان لها على التقرير الذي اعتبرته متعجلا بأنها تؤكد أن الأحزاب أقبلت على المشاركة في هذه الانتخابات منذ بدايتها بتسجيل الناخبين مرورا بجميع المراحل الانتخابية وفي ظل القوانين السارية وسعت منذ بداية الحملة الانتخابية في سبيل تطبيق القوانين المقيدة للحريات بما يتسق مع روح اتفاق السلام الشامل والدستور الانتقالي وقد أفلحت في ذلك وأشارت إلى أن عدد المرشحين من الأحزاب والمستقلين بلغ 14,552 مرشحا وتابعت ورغم الصعوبات التي صاحبت توزيع صناديق الاقتراع في بعض المراكز وتم تذليلها تمكن الناخبون من الإدلاء بأصواتهم بسهولة ويسر ورأت المفوضية أن الحكم على هذه الانتخابات ينبغي أن يراعي الخصوصية التي اقتضت إجراء الانتخابات للمناصب التنفيذية والمجالس التشريعية في مستوياتها الستة في جميع الولايات في وقت واحد الأمر الذي يستدعي الناخبين للتعامل مع أوراق الاقتراع لمثلي 73 حزبا و12 مرشحا للرئاسة و14,550 مرشحا وما يترتب عليه من ترتيبات لوجستية ضخمة ورأت المفوضية أن الحكم على هذه الانتخابات يجب أن يتركز على نزاهتها كما شهد بذلك المراقبون الدوليون وحرية التجمع والتعبير خلال فترة الحملة الانتخابية والمشاركة الواسعة للناخبين الذين أدلوا بأصواتهم والجو الآمن والمستقر الذي جرت فيه مشاركة الناخبين في الاقتراع.
وصف رئيس مفوضية الانتخابات البروفيسور عبد الله أحمد عبد الله نائب، الانتخابات التي جرت في البلاد بالمتفردة وأشار إلى أن قيام العملية على (6) مستويات في وقت واحد لم يحدث في أي بلد في العالم. ووصف كارتر بحسب (سونا) ما جاء في تقرير جيمي كارتر رئيس مركز كارتر لمراقبة لانتخابات، الدقيق في بعض المعلومات وأشار إلى أنه أجرى مقارنات غير منطقية بين انتخابات السودان والانتخابات في الدول الغربية، مؤكداً أن المشاركة الكبيرة في مراحل الانتخابات المختلفة تعد دليلاً على نجاحها.
وقلل عبد الله في حديثة من الأخطاء الفنية في العملية وقال إنها تعد أمراً طبيعياً يحدث في أي انتخابات مبيناً أن الانتخابات السودانية قامت على المشاركة الواسعة والنزاهة عبر تمكين الناخبين من الإدلاء بأصواتهم وعدم تقييد حراك القوى السياسية من خلال إتاحة الحريات للأحزاب للقيام بأنشطتها المختلفة. وأكد نائب رئيس المفوضية أن هذه الانتخابات أسست لتحول ديمقراطي حقيقي وأن المجتمع الدولي يدرك وبكل وعي الظروف المعقدة التي جرت فيها انتخابات السودان مشيداً بالتقرير الذي قدمته بعثة الاتحاد الأوروبي لمراقبة الانتخابات في السودان إذ إنه يحمل كثيرا من جوانب العدالة والموضوعية .
وأوضح أن الانتخابات في السودان شارك فيها أكثر من (72) حزباً سياسياً و(15) ألف مرشح في أكثر من (1135) دائرة انتخابية.